人事・給与関係業務情報システム（以下「人事・給与情報システム」という。）は、各府省情報化統括責任者（CIO）連絡会議の決定による「人事・給与等業務・システム最適化計画」（平成16年2月27日）等に基づき、国家公務員の人事管理、給与管理、共済管理、職員からの届出・申請処理等の諸機能を一体化した標準的なシステムとすることにより、政府全体における人事・給与等業務に係る事務作業量及びシステム運用経費の削減を図ることを基本理念としているものである。人事院は、各府省連携の下、人事・給与情報システムの開発・運用について、その中核的な役割を担っている。
なお、人事・給与情報システムの設計・開発の開始当初（平成15年度）は、各府省にシステム機器を配置する分散管理方式による導入を計画していたが、更なる効率化を実現するため、平成19年8月に最適化計画を改定し、各府省（警察庁及び防衛省を除く。）が共同で利用する集中管理方式によるシステム運用を実施することとなっている。
人事院は、平成22年度からの人事・給与情報システムの各府省への円滑な導入に向け、平成20年度に策定したシステム改修計画に基づき、システム改修を段階的に実施してきた。また、システムの運用体制の構築を進め、システムの運用管理業務を行う運用センター、システムの操作方法等の問合せ窓口であるヘルプデスクが平成22年度から運用を開始している。
平成24年度においては、各府省のデータ整備等を効率的に行う新たな移行方式のためのツールを開発するとともに、各府省におけるシステムの利便性を向上するための利用者用マニュアルを作成した。アプリケーション保守については、給与改定・臨時特例法関連事項、採用試験制度や昇格時号俸の見直し等の制度改正に対応した改修について、制度関係部局等と連携を図りつつ遅滞なく実施するとともに、障害や各府省の改修要望等について、早急な対応が必要なものから優先的かつ計画的に改修を行ったところである。このほか、本番稼働府省における課題共有や導入予定府省に対する課題解決のためのノウハウ等の情報提供を適切に行うための本番稼働府省、関係機関等によるミーティングを平成25年2月に開催した。また、各府省のシステム担当者等を対象とした実機を用いたシステム操作の習得を図るための講習会を全国9都市において開催した。
人事・給与情報システムは、平成24年1月に改定された最適化計画に基づき、平成27年度までに全ての府省（30府省）において導入することとされている。各府省の導入状況については、平成22年度に人事院が、平成23年度に宮内庁、衆議院及び国立国会図書館が、それぞれ本番稼働を開始していたが、平成24年度においては、6月に総務省が、9月に公正取引委員会が、10月に農林水産省及び厚生労働省（本省）が、それぞれ本番稼働を開始した。このことにより、人事・給与情報システムは8府省において導入され、対象職員数は、平成24年度の1年間で、約4千人から約3万2千人と大幅に増加した。