倫理法等に違反する行為に関する調査及び懲戒は、国公法における一般服務義務違反の場合と同様に、一義的には任命権者が行うこととされているが、厳正な処分が行われるよう、また、府省間での均衡を著しく欠いた処分が行われないよう、倫理法において、倫理審査会の一定の関与の下にその手続が行われる旨の定めがなされている。また、規則22－1（倫理法又は同法に基づく命令に違反した場合の懲戒処分の基準）において倫理法等に違反した場合に係る懲戒処分の基準が、規則22－2（倫理法又は同法に基づく命令の違反に係る調査及び懲戒の手続）において倫理法等違反に係る調査及び懲戒の手続の細目が、それぞれ定められている。
これらの規定に基づき、任命権者が職員に倫理法等に違反する疑いのある行為があったと思料する場合には、任命権者により、倫理審査会に端緒報告がなされ、調査が実施される。倫理審査会では、必要に応じ、任命権者と共同して調査を実施するほか、特に必要があると認めるときは、自ら単独で調査を実施できることとなっている。
調査の結果、任命権者が職員に倫理法等に違反する行為があることを理由として懲戒処分を行おうとする場合は、あらかじめ倫理審査会の承認を得なければならず、倫理審査会では、違反行為の内容を厳正に審査し、任命権者が行おうとする処分案が適正かどうか判断している。また、倫理審査会が自ら単独で調査を実施したときは、倫理審査会自らが懲戒処分を行うことができることとなっている。
倫理法等違反に関する情報は、投書、電子メール、電話等で倫理審査会に寄せられるほか、各府省からの連絡や新聞報道等からも得ている。倫理審査会では、これらの情報を点検し、必要に応じ、自ら又は任命権者に依頼して内容を確認するための予備的な調査を行い、その結果、倫理法等に違反する疑いのある行為があったと思料される場合に、倫理法等に基づく調査及び懲戒手続を開始することとなる。