倫理法等に違反する行為に関する調査及び懲戒は、国公法における一般服務義務違反の場合と同様に、一義的には任命権者が行うこととされているが、厳正かつ公正な事実の確認及び措置が行われるよう、また、府省間での均衡を著しく欠いた対応とならないよう、倫理法において、倫理審査会の一定の関与の下にその手続が行われる旨の定めがなされている。また、規則22－1（倫理法又は同法に基づく命令に違反した場合の懲戒処分の基準）において倫理法等に違反した場合に係る懲戒処分の基準が、規則22－2（倫理法又は同法に基づく命令の違反に係る調査及び懲戒の手続）において倫理法等違反に係る調査及び懲戒の手続の細目が、それぞれ定められている。
任命権者が職員に倫理法等に違反する疑いがあるとの情報を得た場合には、任命権者により必要な事実確認等が行われるとともに、倫理法等に違反する行為を行った疑いがあると思料するときは倫理審査会に端緒報告がなされ、任命権者による調査が実施される。倫理審査会では、必要に応じ、任命権者と共同して調査を実施するほか、特に必要があると認めるときは、自ら単独で調査を実施できることとなっている。
調査の結果、職員に倫理法等に違反する行為があることを理由として任命権者が懲戒処分を行おうとする場合は、あらかじめ倫理審査会の承認を得なければならないこととされており、倫理審査会は、違反行為の内容を厳正に審査し、任命権者が行おうとする処分案が適正かどうかを判断している。なお、倫理審査会が自ら単独で調査を実施したときは、倫理審査会が自ら懲戒処分を行うことができることとされている。
また、倫理審査会では、倫理法等違反に関する情報を公務員倫理ホットラインなどを通じて、投書、電子メール、電話等で得るほか、新聞報道等によっても得ており、これらの情報を得たときは、任命権者に依頼し、必要な事実確認等が行われることとなる。