（1）55歳を超える職員の昇給の抑制
平成24年の給与勧告を踏まえ、50歳台後半層における給与水準の上昇を抑制するための昇給制度の見直しを実施するための給与法の改正が行われた（平成25年6月21日公布、平成26年1月1日施行）ことに伴い、55歳を超える職員（行政職俸給表（二）及び医療職俸給表（一）にあっては、57歳を超える職員）については、勤務成績が標準である場合には昇給しないこととし（改正前は2号俸の昇給）、特に良好の場合には1号俸（改正前は3号俸）、極めて良好の場合には2号俸以上（改正前は4号俸以上）の昇給に、それぞれ抑制するため、規則9－8（初任給、昇格、昇給等の基準）の一部を改正した（平成25年10月1日公布、平成26年1月1日施行）。
（2）特殊勤務手当
特殊勤務手当の適用範囲の見直しを行い、規則9－30（特殊勤務手当）の一部を改正した。主な改正内容は、次のとおりである。
- ア一部業務について手当の支給対象業務から除外（有害物取扱手当）（平成25年4月1日公布・施行）
- イ手当の適用範囲の拡大（移動通信等作業手当及び極地観測手当）（平成25年5月16日公布・施行、同年4月1日適用）
- ウ手当の適用範囲の拡大（犯則取締等手当）（平成25年10月31日公布・施行、同年7月24日適用）
（3）行政組織の改廃等に伴う改正等
行政組織の新設・改廃、官職の新設等に伴い、俸給の調整を行う官職を定める規則9－6（俸給の調整額）の一部を改正したほか、規則9－17（俸給の特別調整額）、規則9－42（指定職俸給表の適用を受ける職員の俸給月額）等の一部を逐次改正した。
また、独立行政法人原子力安全基盤機構の解散に関する法律（平成25年法律第82号）において、独立行政法人原子力安全基盤機構の解散に伴い、同機構の職員から原子力規制委員会の職員となった者には、経過措置として特別の手当を支給することとされたことから、同法に基づき、新たに規則9－135（原子力安全基盤機構解散法附則第5条の規定による特別の手当）を制定した（平成26年2月28日公布、同年3月1日施行）。
（4）昇給抑制の回復措置
給与改定・臨時特例法において、給与構造改革の経過措置を平成26年3月末に廃止するとともに、経過措置が段階的に解消されることにより生じる原資を用いて、平成24年、平成25年及び平成26年の4月1日に、規則で定める職員の昇給回復を行うこととされた。
給与改定・臨時特例法に基づく平成26年4月1日の昇給回復について、同日において45歳未満の職員を対象とし、昇給抑制を受けた回数等を考慮して、最大1号俸上位の号俸とするため、新たに規則9－134（平成26年4月1日における号俸の調整）を制定した（平成26年2月28日公布、同年4月1日施行）。