人事院の苦情相談制度は、勤務条件その他の人事管理に関する苦情を対象としており、人事評価に関しても、制度や手続、個々の評価結果、評価結果の任免・給与等への活用についての相談に対応している。
また、人事評価結果に基づく給与の決定に関して苦情がある場合には、人事院に対して審査を申し立てることができることとされている。
申立事案の審査においては、申立人の人事評価結果の決定理由や事実関係等を調査し、当該人事評価の公正性、妥当性を審査することにより、人事評価結果に基づく給与の決定が法令の規定に合致しているか否かについての判断を行っている。平成25年度は、申立てを容認する決定が1件、棄却する決定が7件となり、容認の事案では、昇給区分の決定の更正を命じた。