職員の勤務時間は、原則として1日7時間45分、週38時間45分とされているが、公務のため臨時又は緊急の必要がある場合には、超過勤務を命ずることができる。超過勤務の状況について、平成31年国家公務員給与等実態調査によると、平成30年の超過勤務の年間総時間数は、全府省平均で226時間であった。これを組織区分別に見ると、本府省では356時間、本府省以外では198時間となっていた。また、「超過勤務の縮減に関する指針」(平成21年職員福祉局長通知)で定めていた超過勤務の上限の目安時間360時間を超えた職員の割合は、全府省平均で22.0%であり、他律的業務の多い本府省においては、44.7%の職員が360時間を、7.4%の職員が720時間を超えて勤務していた。
職員の年次休暇は、原則として1年につき20日とされ、同調査によると、平成30年の1人当たり平均使用日数は14.8日であり、組織区分別に見ると、本府省では13.4日、本府省以外では15.1日となっていた。