公平審査には、懲戒処分、分限処分など不利益処分についての審査請求、勤務条件に関する行政措置の要求、災害補償の実施に関する審査の申立て等及び給与の決定に関する審査の申立ての仕組みがあり、それぞれ職員から人事院に対してなされた場合に、準司法的な所定の審査手続に従って、迅速かつ適切に事案の処理を行っている。人事院は、事案処理に関する目標を定め、その進捗状況等を定期的に把握するとともに、手続面での効率化を進めるなど、事案の早期処理に取り組んでいる。このほか、職員からの苦情相談を受け付け、各府省に対する働きかけを含め必要な対応を行っている。
これらの公平審査の仕組みは、中立第三者機関である人事院が、職員の利益の保護、人事行政の公正の確保、ひいては公務の能率的な運営に資することを目的とするものである。また、勤務条件に関する行政措置の要求の仕組みは、給与勧告・報告の制度等と並び、職員の労働基本権制約の代償措置の一つとして位置付けられ、勤務条件の改善と適正化のため重要な意義を有するものでもある。
令和2年度より、新型コロナウイルス感染症の感染拡大防止の観点から、必要に応じ、インターネットを活用して、公平審査に必要な調査を実施している。